В началото на XIX в. манастирът преживява трудни времена. След избухването на гръцкото въстание (1821 г.) на Атонския полуостров се разположили турски войски, които вършели безчинства. Благодарение на дейността на архим. Анатолий Зографски светата обител успяла да се възстанови. През 1849 г. манастирът става отново общежителен, след като за известен период в рамките на османското владичество е бил идиоритмичен. Към края на XVIII в. се увеличава манастирското братство, а с това възниква нуждата от построяването на по-голям главен манастирски храм, което става през 1801 г. Към средата на века към манастира възниква училище, а с манастирска помощ, както и със съдействието на Васил Априлов и Николай Палаузов, много българчета били изпратени да се изучат в Русия.
Макар и намиращ се на далечния Атонски полуостров, манастирът винаги поддържа жива връзка с вярващите от света. Бил е облагодетелстван от българските царе, византийските императори, молдовските воеводи, както и от вярващия народ. В замяна на това сам той е облагодетелствал всички тях със светлината на Христовата истина и благодат, с молитвено застъпничество и с християнска просвета, която се разпростира по целите Балкани и отвъд тях.
В периода на многовековно съществуване в обителта е събрана уникална и изключително богата ръкописна, архивна, библиотечна и иконна сбирка. Тя включва в единно цяло около 1100 ръкописа (славянски, гръцки, молдо-влахийски и др.), над 1000 средновековни и предвъзрожденски грамоти и документи (български, гръцки, молдовлахийски, османски и руски), огромен архив от Възраждането и следосвобожденската епоха (над 100 000 архивни единици), както и над 30 000 книги, от които стотици редки старопечатни издания, които не са налични в нито една българска библиотека. Преносимите икони са над 1000.
Ако запазените по-ранни книжовни паметници в манастира са предимно с богослужебен характер, от по-късните периоди са достигнали и исторически съчинения като Хрониката на византийския историк Йоан Зонара в славянски превод от 1433 г. В годините, когато на Балканите вече трайно се е установила османската власт, цялата Света Гора, в частност и Зографската света обител, се превръщат в хранилища на историята на балканските народи. През 1762 г. в Зографския манастир преп. Паисий Хилендарски завършва своята работа по “История славянобългарска”, чиято чернова и до днес се пази в библиотеката на светата обител. Паисиевата “История” не е единственият опит да се опише българската история. Изпод перото на неизвестен зографски монах е излязла и “История вкратце о болгарословенском народе”, позната и като “Зографска българска история”, достигнала до нас по препис на монах Яков от 1785 г.
Днес са налични малко повече от десет оригинални документа, излезли от канцеларията на средновековните български владетели. Три от тях днес се намират в архивите на Света Гора: хрисовулът на цар Иван Александър от 1342 г. и Витошката грамота на цар Иван Шишман (в Зографската света обител), и Ватопедската грамота на цар Иван Асен II (в манастира Ватопед). Освен тях в зографския архив има още няколко други средновековни славянски грамоти преводи на гръцки документи или по-късни компилации от стари манастирски документи (Калиманова грамота и Сводна грамота). Над 60 са византийските документи, сред тях множество издадени от византийските императори и цариградските патриарси, отнасящи се до средновековното балканско минало.
Запазените днес книжовни паметници не дават пълна представа за някогашното състояние на манастирския архив и библиотека. Част от ръкописите били унищожени или загубени още през Средновековието или по време на османската власт. В житието на светите двадесет и шест Зографски мъченици се казва, че “кулата и църквата изгоряха съвсем заедно със 193 книги, с църковната утвар и златните епитрахили, с многоцветните завеси и всички църковни съсъди, които бяха останали от благочестивите и приснопаметни царе - именно от свети цар Петър, от великия Йоан Асен (II) и от Симеон.” Друга част от зографски паметници днес по стечение на историческите обстоятелства се намират извън манастира. През 1860 г. руският археограф и колекционер П.И. Севастиянов посетил манастира, за да проучи ръкописната му сбирка. Когато си тръгнал монасите му дали да занесе Зографското глаголическо евангелие (Х в.) като дар на руския император Александър II. Днес Зографското евангелие се намира в Руската национална библиотека в Санкт Петербург.
Съставител на текста: Георги Митов